現在對水體中微囊藻毒素的檢測已發展了多種分析方法，主要有生物分析法、化學分析法和生化分析法。
生物分析法：
傳統的生物分析法通常用小鼠腹腔注射或口腔灌喂評價微囊藻毒素的毒性。
用純化的微囊藻毒素或水華藍藻中粗提藻毒素進行測試，根據其生理病變及半致死量可初步確定其毒性（除個別異構體的LD50為200～250μg/kg，多數微囊藻毒素的LD50為60～70ug/kg）。這也是毒理評價的常用方法。此外還有用無脊椎動物如蝦、貝、水蚤及其卵進行毒性評價的研究，以細菌進行生物分析也有報道。這類方法靈敏度較差，所得到的毒型結果與小鼠的品系有關，可比性較差，且無法確定毒素類型及結構。但該方法操作簡單，且可以監測到過去未曾發現的新毒素。
化學分析法：
化學分析法主要包括氣相色譜 （GC）、薄層色譜（TLC）、液相色譜（HPLC）、液相色譜/質譜分析（LC/MS）及毛細管電泳（CE）等，其中HPLC應用zui廣。這些方法利用微囊藻毒素的物化性質結合靈敏的光電技術對其進行定性、定量分析。
液相色譜：
液相色譜可以分析一些氣相色譜無法分析的揮發性差、極性強、熱穩定性差的物質。常用的檢測器有紫外-可見光（UV-VIS）（ultraviolet- visible）檢測器、示差折光檢測器、熒光、化學發光檢測器、火焰離子化檢測器和電化學檢測器等。
HPLC技術一般采用正相或反相色譜柱對毒素進行分離，然后進行紫外（UV）、熒光（FL）或化學發光（CL）檢測。將被測毒素與標準毒素的滯留時間進行比較可對被測毒素進行鑒定，將被測毒素與標準毒素的峰面積進行比較可對其進行定量。目前常采用HPLC/UV法對MC進行監測，監測限度一般為ng級。
液相色譜是目前應用、研究較多的方法，這一方面取決于微囊藻毒素本身的物理和化學性質，另一方面也因為該法有良好的靈敏度（可達0.1μｇ/Ｌ）和選擇性。其步驟是先將水華藍藻的毒素提取液或實際水樣通過固相萃取吸附富集，溶劑淋洗后將凈化的微囊藻毒素洗脫，用于定性分析。用于色譜分析。同時，可利用液相色譜的特點，與質譜或核磁共振聯用確定其分子式和結構。
