電流所作的功絕大部分都轉換為熱，因而引起介質溫度升高，這會造成很多影響：
1、樣品和緩沖離子擴散速度增加，ELISA試劑盒引起樣品分離帶的加寬。
2、產生對流，引起待分離物的混合。
3、如果樣品對熱敏感，會引起蛋白變性。
4、引起介質粘度降低、電阻下降等等。電泳中產生的熱通常是由中心向外周散發的，所以介質中心溫度一般要高于外周，尤其是管狀電泳，由此引起*部分介質相對于外周部分粘度下降，摩擦系數減小，電泳遷移速度增大，由于*部分的電泳速度比邊緣快，所以電泳分離帶通常呈弓型。降低電流強度，可以減小生熱，但會延長電泳時間，引起待分離生物大分子擴散的增加而影響分離效果。所以電泳實驗中要選擇適當的電場強度，同時可以適當冷卻降低溫度以獲得較好的分離效果。
4. 電滲：液體在電場中，對于固體支持介質的相對移動，稱為電滲現象。由于支持介質表面可能會存在一些帶電基團，如濾紙表面通常有一些羧基，瓊脂可能會含有一些硫酸基，而玻璃表面通常有Si-OH基團等等。這些基團電離后會使支持介質表面帶電，ELISA試劑盒吸附一些帶相反電荷的離子，在電場的作用下向電極方向移動，形成介質表面溶液的流動，這種現象就是電滲。在pH值高于3時，玻璃表面帶負電，吸附溶液中的正電離子，引起玻璃表面附近溶液層帶正電，在電場的作用下，向負極遷移，帶動電極液產生向負極的電滲流。如果電滲
方向與待分離分子電泳方向相同，則加快電泳速度；如果相反，則降低電泳速度。
5. 支持介質的篩孔：支持介質的篩孔大小對待分離生物大分子的電泳遷移速度有明顯的影響。在篩孔大的介質中泳動速度快，反之，則泳動速度慢。
關于膠回收切膠的一點注意事項：
1. 電泳的buffer和gel都是新制的，切膠的臺子清理干凈，刀片洗凈滅菌，總之一句話就是保證切下的帶沒有外源DNA污染。
2. 切膠是要把整個目的片斷所在位置的膠全部回收。為了減少膠的體積，可以用相對比較薄的膠來做，只要夠點樣即可，也可采用薄而寬的梳子來跑膠。
3. 關于防護，在一般有機玻璃后就足夠了，戴上防護面具以保護眼睛，如果戴樹脂眼鏡就可以了。要是非常害怕紫外照射，或者對于膠有特殊要求，例如要求不含EB，可以采用點marker和帶刻度的尺子一起照相的方法來確定目的條帶在膠上的位置進行切膠。
4. 按照正常程序點marker跑膠，然后切下有marker的膠，EB染色，紫外燈下與帶刻度的尺子一起照相。由于要回收的帶與marker間的相對位置已知，ELISA試劑盒根據尺子來衡量未染色膠上目的帶的位置即可。如果覺得很難判斷，可以直接在marker邊點少量的樣，這樣位置就容易確定了。
